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A ecologia microbiana explora a forma como os microrganismos interagem entre si e com os seus ambientes. Centra-se nas comunidades microbianas em diversos habitats, desde o solo e a água até ao corpo humano e ambientes extremos. As principais áreas incluem o ciclo de nutrientes, as relaçoes simbióticas e o seu papel nos ciclos biogeoquímicos. A compreensao da ecologia microbiana ajuda na gestao dos ecossistemas, na bioremediaçao e na previsao de respostas a alteraçoes ambientais como as alteraçoes climáticas e a poluiçao.
