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A poluiçao afecta a qualidade da água em lagos e outros recursos de água doce em todo o mundo. Pode assumir muitas formas, provenientes de fontes industriais, agrícolas ou municipais, alguns exemplos comuns incluem pesticidas, herbicidas, esgotos e lixo. Os lagos contêm frequentemente elevados níveis de poluiçao relativamente às paisagens e ao ambiente circundantes. Os rios e ribeiros drenam os poluentes da paisagem, que se concentram nos lagos e noutras massas de água. As espécies aquáticas, como os peixes, podem ter um teor de contaminantes extremamente elevado, uma vez que alguns poluentes nao se dissolvem nem se diluem facilmente na água, sendo absorvidos pelos organismos. Algumas espécies de organismos aquáticos sao particularmente sensíveis à poluiçao, sao utilizadas como indicadores de poluiçao e designadas por bioindicadores. Como os lagos drenam uma grande paisagem circundante, reflectem os processos e acçoes que operam à sua volta. Quando sao derramados produtos químicos, estes podem escoar para cursos de água próximos e ser transportados para os lagos a jusante.
